医師は、給与収入が2,000万円を超える場合や、複数の勤務先から給与を受け取って一定の条件に該当する場合などに、所得税の確定申告が必要です。確定申告をすれば必ず税金が戻るわけではなく、源泉徴収額より本来の税額が多ければ追加納税になります。勤務先ごとの源泉徴収票と、講演料・原稿料などの所得を漏れなく整理しましょう。
この記事の要点
- 給与収入2,000万円超は、原則として確定申告が必要
- 非常勤・当直先の給与は、主な勤務先の年末調整だけでは精算されない
- 20万円以下なら必ず申告不要、というわけではない
- 医療費控除などで還付申告をする場合は、少額の副収入も含めて申告する
- ふるさと納税のワンストップ特例は、確定申告をすると無効になる
医師が確定申告を必要とする主なケース
| 主なケース | 所得税の確定申告 | 確認点 |
|---|---|---|
| 給与の年間収入が2,000万円を超える | 原則必要 | 勤務先で年末調整の対象にならない |
| 給与を1か所から受け、給与・退職所得以外の所得が20万円を超える | 原則必要 | 講演料、原稿料などは収入ではなく必要経費控除後の所得で判定する |
| 給与を2か所以上から受け、年末調整されなかった給与収入と給与・退職所得以外の所得の合計が20万円を超える | 原則必要 | 非常勤・当直先の源泉徴収票をすべて集める |
| 医療費控除などの適用を受けたい | 還付申告を検討 | 源泉徴収税額などが納め過ぎの場合に還付される |
上表には例外があります。また、所得税の確定申告が不要でも、住民税の申告が必要になる場合があります。個別の判断は、国税庁の案内、住所地の自治体、税務署または税理士に確認してください。
非常勤・当直収入の注意点
主な勤務先で年末調整を受けても、非常勤・当直先など「従たる給与」はそこで年末調整されません。確定申告が必要な場合は、すべての勤務先の給与を合算します。
勤務先ごとに源泉徴収票を受け取り、支払金額と源泉徴収税額を確認してください。勤務先から受け取る当直料が給与なのか、業務委託による報酬なのかでも所得区分が変わる可能性があります。契約書、支払調書、振込記録を確認し、名称だけで判断しないことが重要です。
給与所得者の「20万円以下なら申告不要」という扱いは、一定の条件を満たす場合に限られます。医療費控除などのために確定申告を行う場合は、20万円以下の給与・退職所得以外の所得も併せて申告する必要があります。
確定申告で還付になる場合と追加納税になる場合
還付申告は、源泉徴収された所得税や予定納税額が、本来納める税額より多い場合に差額を受け取る手続きです。医療費控除などを適用しても、源泉徴収税額がない場合などは還付される税金がありません。
反対に、複数の給与や副収入を合算した結果、本来の税額が源泉徴収済みの金額を上回れば追加納税になります。確定申告は「税金を取り戻す手続き」だけではなく、1年間の所得と税額を正しく精算する手続きです。
確認したい所得控除
医療費控除
本人または生計を一にする配偶者や親族のために支払った一定の医療費が対象です。原則として、支払った対象医療費から保険金などで補填された額と10万円を差し引いて計算します。総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく総所得金額等の5％が基準です。
ふるさと納税による寄附金控除
一定の上限まで、寄附額のうち2,000円を超える部分が所得税と住民税の控除対象になります。確定申告を行うとワンストップ特例の申請は無効になるため、特例申請済みの寄附を含め、すべてのふるさと納税を申告書へ記載します。
iDeCoの小規模企業共済等掛金控除
iDeCoで本人が拠出した掛金は全額が所得控除の対象です。運用資産は原則60歳まで引き出せず、手数料もかかるため、節税額だけで加入を判断しないようにしましょう。
給与所得者の特定支出控除
職務に直接必要な研修費、資格取得費、図書費など一定の支出が対象になり得ます。特定支出の合計が給与所得控除額の2分の1を超える場合、その超過部分を給与所得控除後の所得から差し引けます。給与支払者等の証明書や支出を証明する書類が必要です。
学会費、専門書、研修費が自動的にすべて控除対象になるわけではありません。勤務先から補填された金額や、職務との関連、証明書の有無などの要件を確認してください。
所得税率と控除効果の考え方
所得税は、課税所得に応じて5％から45％までの7段階に分かれる超過累進税率です。課税所得の全額に一つの税率がかかるのではなく、各段階を超えた部分に高い税率が適用されます。
| 課税される所得金額 | 所得税率 |
|---|---|
| 1,000円〜194万9,000円 | 5％ |
| 195万円〜329万9,000円 | 10％ |
| 330万円〜694万9,000円 | 20％ |
| 695万円〜899万9,000円 | 23％ |
| 900万円〜1,799万9,000円 | 33％ |
| 1,800万円〜3,999万9,000円 | 40％ |
| 4,000万円以上 | 45％ |
税率を判断する基準は年収ではなく、収入から必要経費や給与所得控除、所得控除などを差し引いた課税所得です。復興特別所得税や住民税もあるため、「控除額に表の税率を掛ければ必ずその金額が戻る」とは限りません。
準備する書類
- すべての勤務先の源泉徴収票
- 講演料、原稿料などの支払調書や入金記録
- 必要経費の領収書、請求書、利用明細
- 医療費控除の明細作成に必要な医療費通知や領収書
- ふるさと納税の寄附金受領証明書や証明データ
- iDeCoなどの小規模企業共済等掛金払込証明書
- 特定支出控除を使う場合の勤務先等の証明書
- マイナンバーカードとe-Taxの利用環境
申告時期と手順
- 勤務先と副収入の支払者から必要書類を集める
- 給与、副収入、必要経費、所得控除を整理する
- 国税庁の確定申告書等作成コーナーで入力する
- e-Taxなどで申告書を提出する
- 追加納税がある場合は期限までに納付する
- 申告データと証拠書類を所定期間保管する
所得税の確定申告期間は原則として翌年2月16日から3月15日までで、休日の関係で期限が変わる年があります。2026年分の所得税については、国税庁の案内で2027年2月16日から3月15日までとされています。
確定申告義務のない人が行う還付申告は、原則として対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。ただし、期限内申告が適用要件となる制度もあるため、早めに確認してください。
よくある質問
当直収入が20万円以下なら申告不要ですか？
一律に不要とはいえません。給与か報酬か、勤務先の数、年末調整の有無、ほかの所得、確定申告を行うかによって扱いが変わります。所得税の申告が不要でも住民税申告が必要な場合があります。
確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例はどうなりますか？
確定申告を行うとワンストップ特例は無効になります。特例を申請した分も含め、その年のすべてのふるさと納税を確定申告へ含めてください。
非常勤先から源泉徴収票が届かない場合はどうすればよいですか？
まず非常勤先の給与担当へ発行を依頼します。給与として支払われた場合、支払者には源泉徴収票を交付する義務があります。解決しない場合は、税務署へ相談してください。
税理士へ相談したほうがよいケースはありますか？
勤務先が多い、業務委託収入がある、経費区分に迷う、不動産・株式・暗号資産などの所得がある、国外所得がある場合は、早めの相談が有効です。
まとめ
医師の確定申告では、すべての勤務先の給与と、講演料・原稿料などの所得を正確に集計することが基本です。給与収入2,000万円超や複数給与など、一定の条件に該当すれば申告が必要です。医療費控除などで税金が還付される場合もありますが、所得を合算した結果、追加納税になることもあります。20万円基準や控除名だけで自己判断せず、国税庁の最新情報を確認し、複雑な場合は税理士へ相談しましょう。
参考情報
- 国税庁「給与所得者の確定申告」
- 国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」
- 国税庁「医療費を支払ったとき」
- 国税庁「ふるさと納税（寄附金控除）」
- 国税庁「給与所得者の特定支出控除」
- 国税庁「所得税の税率」
- 国税庁「確定申告をすれば税金が還付される方」
- 国税庁「所得税及び復興特別所得税の申告等」
免責事項：本記事は2026年8月時点で公表されている一般的な税務情報です。個別の税務判断や節税効果を保証するものではありません。法令や手続きは変更される場合があるため、申告前に国税庁の最新情報を確認し、必要に応じて税務署または税理士へご相談ください。
